Чтобы узнать, какие из директорий занимают больше всего места поможет следующая команда:

# du -a /home/user | sort -n -r | head -n 10

du - (disk usage) estimate file space usage (оценка использования файлового пространства);
ключ - a - учитывать все файлы, а не только каталоги;
/home/user - каталог в котором производится просмотр и подсчет;
sort - sort lines of text files (сортировка строк текстовых файлов);
ключ -n, --numeric-sort - compare according to string numerical value (сравнить по числовому значению строки);
ключ -r, --reverse - reverse the result of comparisons (результаты сравнения в обратном порядке);
head - output the first part of files (вывести первую часть файлов);
ключ -n, --lines=[-]K print the first K lines instead of the first 10; with the leading '-', print all but the last K lines of each file (показать первые K строк вместо первых 10; С ведущим тире '-', печатать все, кроме последних K строк каждого файла).